El proceso de selección consta de dos fases. Durante la primera fase se reciben las inscripciones de todos los interesados en participar en la competencia, se convoca a un examen donde se pone a prueba sus conocimientos sobre física, astronomía, mecánica celeste, astrofísica, cosmología, medidas e instrumentos.

Según la cantidad de participantes que se inscriban durante la primera fase se selecciona un grupo de alrededor de 15 estudiantes para la segunda fase de la olimpiada, los jóvenes que forman este grupo reciben inducciones y tutorías, esto para prepararlos para la segunda fase, el número de estudiantes lo decide el comité organizador. Adicional a la preparación para la segunda fase de selección se tomó la decisión de continuar con las tutorías durante un año, esto para cubrir los temas de la Olimpiada y reforzar sus conocimientos básicos y prepararlos para su participación en la Olimpiada Latinoamericana de Astronomía y Astronáutica. De la segunda fase se seleccionan los cinco mejores punteos quienes son los ganadores de la Olimpiada Guatemalteca de Astronomía. Cabe mencionar que los estudiantes seleccionados para participar en la Olimpiada Latinoamericana no necesariamente tienen que haber estado participando en las tutorías, basta con estar entre los primeros 5 puestos de la segunda fase de la Olimpiada Guatemalteca de Astronomía.